Presente nas versões para Playstation 2 e Wii de Resident Evil 4, o modo Separate Ways pode ser visto como um equivalente aos cenários A e B do segundo game da série. Enquanto Leon faz seu caminho pela vila e pelo castelo para resgatar Ashley Graham, Ada Wong também agia, guiada por seus próprios objetivos. É exatamente a participação da espiã que este cenário tem a intenção de mostrar.
Habilitado após o término do game normal, Separate Ways é mais curto que o game normal. Composto de cinco capítulos, cada um com seu objetivo específico, o game começa no mesmo momento em que Leon chega à vila. Agindo nos bastidores, Ada Wong auxilia o policial ao mesmo tempo em que dá prosseguimento à sua própria missão: obter uma amostra do parasita Las Plagas para Albert Wesker. Personagens do game de Leon como Krauser e Luis também têm um papel importante em Separate Ways, entretanto, agindo de maneiras diferentes.
Ao final de cada capítulo, um dos Adas Report é habilitado, onde ainda mais informações dos bastidores da missão na vila são revelados. Separate Ways é obrigatório para aqueles que querem conhecer a história de Resident Evil 4 por inteiro.