A jogabilidade de Guns of the Patriots é semelhante à dos jogos anteriores da série Metal Gear Solid. Snake, sendo controlado pelo jogador, deve mover-se por um ambiente hostil e cheio de inimigos sem ser notado. Apesar de Snake adquirir várias armas (abrangendo de pistolas a lançadores de granadas), a ênfase está em usar o stealth para evitar combates. Um número de objetos e ferramentas podem ser encontradas pelo caminho para ajudá-lo em tal tarefa, incluindo detectores de movimento para detectar soldados e a caixa de papelão tradicional da série Metal Gear, no qual Snake pode se esconder para que não seja visto.Embora em alguns aspectos o jogo tenha sido modificado (principalmente os gráficos), a tensão e o humor negro da séria são mantidos.