Originalmente, o jogo deveria ser desenvolvido para o PlayStation 3, mas, ao invés disso, devido à longa espera pelo PS3, o jogo foi desenvolvido para o PlayStation 2.Desde o começo, o diretor de Snake Eater, Hideo Kojima, desejava mudar drasticamente o cenário dos jogos anteriores. Ele comentou que o cenário de floresta era tanto o que sua equipe de desenvolvimento quanto o que os fãs de Metal Gear queriam. Entretanto, ele reconheceu que os elementos de um ambiente de floresta, como clima, paisagem e vida selvagem, eram recursos que apresentariam obstáculos durante o desenvolvimento do jogo. Enquanto que nos lançamentos anteriores o jogador começa perto, ou mesmo dentro, da base inimiga, Kojima queria que Snake Eater fosse mais realista, com Snake iniciando milhas de distância da civilização e tendo que fazer seu caminho até o aquartelamento do inimigo.

Kojima comentou que o ambiente externo era muito difícil de criar. Ele explicou que a razão pelas quais os jogos anteriores se passavam primariamente no interior de um local é devido aos consoles da época não serem potentes o suficiente para representar um ambiente de floresta verdadeiro.Em contraste com os ambientes urbanos, a floresta não possui uma superfície plana. O protagonista em Snake Eater deve cruzar terreno desigual, incluindo rochas, montes de sujeira e tocos de árvore. Como resultado, o motor de jogo de colisão usado nos lançamentos prévios não poderia ser utilizado, e um novo teve de ser construído do zero.Ajustar a tecnologia de captura de movimentos para que os jogadores pudessem andar por estes montes foi um problema durante o desenvolvimento.

Muitos fãs esperavam que Snake Eater usasse uma câmera 3D, mas isto foi por fim não implementado no jogo. Kojima considera Metal Gear Solid, Sons of Liberty e Snake Eater como uma trilogia, e desejava manter a mesma câmera como os últimos dois a fim de manter a sensação dos três jogos a mesma.Ele, entretanto, reconheceu que a tendência atual para jogos eletrônicos é usar a câmera 3D.A câmera foi mais tarde implementada no relançamento aprimorado de Snake Eater, Metal Gear Solid 3: Subsistence,em Metal Gear Solid: Portable Ops e também na sequência para o PlayStation 3, Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots.

Kojima projetou as batalhas contra chefes de Snake Eater para serem totalmente diferentes daquelas dos jogos anteriores de Metal Gear, ou de qualquer outro jogo. Ele afirmou que a batalha contra o atirador de elite The End é a que melhor representa a jogabilidade livre e aberta no jogo.A batalha se passa sobre uma vasta área de floresta densa, por onde o jogador deve procurar extensivamente The End, enquanto que ele realiza ataques de longo alcance a partir de posições desconhecidas. Esta batalha desgastante pode durar horas,e contrasta com outras lutas contra chefes nas quais o inimigo está bem à frente do jogador e visível o tempo todo. Em adição, o jogador possui a habilidade de ou evitar toda esta batalha eliminando The End mais cedo no jogo ou simplesmente salvando o jogo, esperando um pouco mais do que uma semana, e recarregando o jogo para que The End morra de velhice. Kojima comentou que recursos como este não aparecem em outros jogos.