Você controla Naked Snake, o de agente da CIA na época da Guerra fria na primeira missão. Você foi enviado para resgatar Sokolov, cientista russo de armas bélicas que foi capturado pelos russos para criar armas bélicas na região de Rassvet. Após tudo dar errado com a deserção de The Boss, sua mentora como mãe, e a captura de Sokolov antes mesmo de cruzarem a ponte de Dolivodno, o plano foi por água a baixo. A Unit Cobra capturou Sokolov e quase mata Snake, se não fosse por The Boss estar com muita pena. Após isso Volgin, atira um missel da Ogiva Nuclear no ex-laboratório de Sokolov, onde ele diz que The Boss atirou. Mentindo assim, acabando com a Cold War (Guerra Fria). O presidente dos Estados Unidos entendeu isso como uma provocação, começando assim duas semanas depois da deserção a Operation Snake Eater (Operação Devorador de Cobras), onde Snake é enviado com três objetivos:
1-Resgatar Sokolov
2-Destruir o Shagohod que Sokolov falou (parecido com o Metal Gear).
3-Assassinar The Boss, terminando assim a deserção

Aí o jogo realmente começa, usando sua camuflagem, chegando novamente em Rassvet, depois passando por um pântano cheio de crocodilos, e chegando numa área de um laboratório, usando camuflagem de cientista, confrontando todos os chefes, inclusive Ocelot, um chefe clássico de MGS. Até chegar na ultima chefe. The Boss. Tendo 10 minutos para matá-la, temos que ser rápidos e não dar bobeira na hora do CQC dela apertando circulo quando ela estiver dando CQC em você. Não use armas quando ela for com o CQC senão você perderá sua arma. Após a luta, Ocelot, mais uma vez quer um ultimo duelo. Usando duas armas. Escolhendo uma delas e terminando o game. Um dos melhores games para PS2.


Enfim, a história, os gráficos, tudo o que é bom, está em um único game de Hideo Kojima. Aprecie esta verdadeira obra de arte