Apesar da transição aos gráficos tridimensionais, a jogabilidade de MGS permanece semelhante ao de seu antecessor em 2D lançado para MSX2, Metal Gear 2: Solid Snake. O jogador deve controlar Solid Snake pelas áreas do jogo sem ser visto pelos inimigos. Se o jogador mover-se para dentro do campo de visão de algum deles ou ao alcance de alguma câmera, o alarme será disparado, fazendo com que vários inimigos armados vão averiguar. Isto ativa o "Modo de Alerta", onde o jogador deve esconder-se e permanecer assim até que o "Modo de Evasão" comece. Assim que o contador deste último modo zerar, o jogo retorna ao "Modo Normal", onde inimigos não suspeitam de sua presença. O radar não pode ser usado nos modos de Alerta e Evasão. Para permanecer oculto, o jogador deve usar principalmente o ambiente, como arrastar-se sob objetos, usar caixas para se esconder, abaixar-se ou esconder-se atrás de paredes e fazer barulho para distrair inimigos. Tudo isto é feito com uma visão em terceira pessoa, que geralmente muda seu ângulo para dar ao jogador a melhor visão possível da área; e com o radar, Soliton (criado por Mei Ling), que mostra os inimigos e seus respectivos campos de visão. Snake também pode usar uma variedade de equipamentos, como óculos infravermelhos ou uma caixa de papelão como disfarce. A ênfase em stealth traz uma forma menos violenta de jogabilidade, já que lutas contra grupos de inimigos geralmente irão resultar em sérios danos ao jogador. Entrelaçados com o progresso do jogador estão conversas pelo Codec (também desenvolvido por Mei Ling), como também batalhas contra chefes de cenário. Para progredir, o jogador deve descobrir as fraquezas de cada um e usá-las contra eles. Informações sobre estratégias também podem ser acessadas pelo Codec, onde conselhos e táticas são dadas pelo time de suporte de Snake; por exemplo, o Comando Operacional pode brigar com Snake por não salvar seu progresso com freqüência o suficiente, ou explicar os seus movimentos de combates em termos de quais botões apertar. O Codec também é usado para expor melhor a história do jogo. Ao completar o jogo, é mostrado um resumo estatístico de seu desempenho, junto com um codinome baseado nele, tipicamente o nome de um animal. Pela primeira vez na série Metal Gear, um modo de treino se faz disponível, no qual os jogadores podem praticar técnicas de espionagem como esconder-se, arrastar-se e usar armas. Adicional à jogabilidade "stealth", existem algumas fases de treino que terminam em tiroteios sob perspectiva de terceira e primeira pessoas.