Technical demonstration - Vença os seguintes modos no VR Training, na ordem: Training, Time Trial, Gun Shooting, Survival. Nota: Completando cada modo, vai destravando o próximo na seqüência. Então, o Technical demonstration mode será destravado. Use para assistir a CPU mostrando se melhor tempo com a arma.

Armas e munições infinitas - Complete o jogo sem se render, quando for torturado, para salvar Meryl. Então, ao término do jogo você vai receber a Bandana. Salve seu jogo e então comece um novo jogo usando a informação salva. Agora quando você equipa a Bandana, pode usar uma quantia ilimitada de munições ou bombas que não terão que se recarregar.

Stealth camouflage - Complete o jogo rendendo-se, quando estiver sendo torturado, (para isso aperte Select). Então ao término do jogo você vai receber a Stealth camouflage de Otacon. Salve seu jogo e então comece um novo, usando a informação salva. Agora quando você equipa a Stealth camouflage os inimigos (menos os chefes) e câmeras de segurança não o descobrirão.

Novas texturas - Complete o jogo duas vezes fazendo finais diferentes (um final com Meryl, e um com Otacon), para ter a Bandana e a Stealth camuflage. Então, no próximo (terceiro) chegue até o Ninja, sem usar a Bandana ou a Stealth camouflage. Se fizer corretamente, o Ninja ficará vermelho. Haverá texturas novas agora para Snake e para Ninja e uma nova música durante o final.

Novas roupas - Complete o jogo duas vezes, ganhando um final diferente ambas as vezes para adquirir a Bandana e a Stealth camouflage. Então, Snake usará um fraque no elevador durante o próximo (terceiro) jogo. Complete o jogo sem usar a Bandana ou a Stealth camouflage até chegar mais uma vez no Ninja, que ficará vermelho. Então, Snake usará uma roupa de Ninja no próximo jogo.

O poder da mente - Jogue o game usando um memory card que contenha um save qualquer de outro game da Konami (Castlevania, ISS Soccer, Suikoden, Silent Hill, etc). Então quando Psycho Mantis tentar ler o pensamento de seu personagem (durante a demonstração de seu poder), ele mencionará sobre o save em seu memory card.

Derrotando Psycho Mantis - Quando a luta contra Mantis tiver início, ele vai tentar ler a sua mente. A tela ficará escura, com a mensagem Hideo escrita no canto da tela. Quando a mensagem aparecer, troque de controle (passe do controle 1 para o 2) e lute normalmente contra Mantis, que vai ficar super fácil.

Fantasmas escondidos - Tire uma foto das seguintes localizações usando a máquina fotográfica, para ver fantasmas escondidos (que são os produtores do jogo). Depois que você adquirir a máquina fotográfica e bater algumas fotos, haverá uma opção Album dentro da opção Special no menu principal. Use esta opção para ver os quadros.

1- Kojima: Laboratório do Otacon (quadro do lado direito)
2- Matsuhana: Corredor de corpos (fora do laboratório de Otacon)
3- Sato: Torre de comunicação A (caminho destruído, rumo a torre B)
4- Nakamura: Na poça de sangue de Meryl (onde ela foi baleada)
5- Shinkawa: Corredor atrás do segundo pilar na localidade onde Sniper Wolf atirou
6- Uehara: Extremidade do elevador (onde estão os corvos)
7- Negishi: Cachoeira
8- Mizutani: Quando luta contra Metal Gear
9- Korekado: Segundo box (vaso na parede)
10- Sasaki: Quadros na sala, onde enfrenta Mantis
11- Sonoyama: Máquina de tortura
12- Toyota: Recipiente no meio do armazém de corvos
13- Kozyou: Atrás da estrutura parecida com um tanque de água no Canyon
14- Shimizu: Caverna dos lobos (primeiro ponto onde você rasteja)
15- Kaneda: Espelho no banheiro das mulheres
16- Fukushima: Heliport, olhando para o mar
17- Takade: No corredor de vidro, no laboratório de Otacon
18- Fujimura: Elevador, na Torre de comunicação B
19- Shikama: Chão eletrificado
20- Kimura: Base subterrânea do Metal Gear (parte de baixo do Metal Gear)
21- Kobayashi: Rocha no Canyon
22- Okajima: Vermes no corpo do verdadeiro Darpa
23- Nishimura: Próximo ao cadáver de Baker
24- Mukaide: Reflexão na caverna Wolfdog
25- Onoda: Onde Baker é amarrado
26- Kitao: Cadáver de Decoy Octopus (falso chefe de Darpa)
27- Yoshimura: No final do tubo de ar da prisão
28- Hirano: Elevador (torre de comunicação B) no topo do level
29- Muraoka: Água da Cargo Dock
30- Ishiyama: Heliport no topo do edifício
31- Ito: Dentro do elevador do hangar
32- Jerem Blaustein: Cadáver de Sniper Wolf
33- Yoshioka: Ponte no terceiro andar da Furnace Blast
34- Mori: No mais baixo ponto do elevador da torre de comunicação B
35- Kinbara: Área escura de degraus
36- Tougo: Final da caldeira (no Blast Furnace)
37- Makimura: Loja de arsenal escondida (sala atrás da primeira parede falsa do game do bloco1, primeira área)
38- Kutome: Sala de observação
39- Tanaka: Heliport, soldado dormindo
40- Shigeno: Heliport, câmera de segurança acima da escadaria
41- Yamashita: Ogiva nuclear da Nuke Building
42- Kobayashi: Johnny Sasaki segurança da cela onde você fica preso, próximo ao chefe de Darpa
43- Scott Dolph: Caminho entre a torre A e B, na parte escura