Ao contrário dos jogos anteriores de Far Cry, nos quais o protagonista era Jack Carver, em Far Cry 2 o jogador pode escolher entre nove personagens diferentes para jogar, todos diferentes tipos de mercenários com visual e passado únicosEntre eles está Marty Alencar, um mercenário brasileiro naturalizado Americano; Josip Idromeno, um guerrilheiro kosovar somente à procura de diamantes; Quarbani Singh, um coordenador de segurança natural das Ilhas Maurício; Hakim Echebbi, um tenente aposentado da marinha argelina; Frank Bilders, um agiota norte-irlandês ligado ao IRA; Paul Ferenc, um contrabandeador húngaro naturalizado israelita; Andre Hyppolite, um insurgente haitiano; Xianyong Bai, um informante chinês; e Warren Clyde, um segurança americano.

O objetivo do personagem do jogador é encontrar e assassinar The Jackal, um negociante de armas que tem vendido armas aos dois lados do conflito. O jogador deve completar este objetivo utilizando qualquer meio necessário para tal, até mesmo se tiver que chegar ao nível de imoralidade empregado pelas facções em guerra e pelo próprio Jackal.