O jogo começa com Desmond Mles entrando em um esconderijo criado pelos primeiros povos e encontrando uma porta gigante que só pode ser destravada com uma chave especial, assim cabe a Desmond descobrir onde que seu antepassado escondeu tal chave.
Desmond usa o Animus para voltar em um de seus antepassados que viveu durante a revolução norte-americana, na época da independência e libertação da Inglaterra. Primeiramente, o jogador controle Haytham Kenway, um britânico que tem como missão descobrir um esconderijo dos primeiros povos e para isso junta um grupo de "guerreiros" que lutam pela mesma causa.
Haytham se encontra com uma nativa que o leva à um lugar, porém este não era o lugar certo, pelo menos não com a chave que ele tinha. Essa nativa é a mãe de Connor, sendo morta mais tarde por um grupo de brancos durante um incêndio em sua aldeia, incentivando Connor a buscar vingança.
Esta é uma história superficial de Assassins Creed 3, é impossível falar mais da história sem contar certos spoilers.
Espero que gostem,
Falows