Marcus Reed, o protagonista da história, começa como gangster, tendo herdado de seu pai (Isaiah Reed, que se encontra preso) o império criminoso de Nova York.

Mais tarde, Marcus é traído, caindo numa emboscada criada por um cara que ele julgava amigo. Marcus então é dado como morto, porém, ele aparece, inesperadamente, completamente ferido, sedento por vingança.
Marcus então acaba com quem estiver em sua frente, causando a maior matança, e conquistando sua vingança.

No final Marcus quase morre, porém é salvo por Terry Higgins, um velho amigo de seu pai e o detetive que possui a sua guarda.

No momento em que o salva, Higgins diz a Marcus que ele deveria se envergonhar do nível em que chegou. Marcus então se oferece para que Higgins o prenda, porém o pedido e recusado pelo mesmo. Higgins diz que vai encobrir o envolvimento de Marcus no tiroteio, mas esta será a última vez que ele limpará seus rastros, e que na próxima vez deixará a polícia de Nova York resolver. Marcus concorda, e sai para cuidar de seus ferimentos. Higgins suspira e diz, "Feliz Natal".

Então cinco anos se passam e agora, Marcus é um oficial da NYPD (Departamento de Policia de Nova York), tendo trabalhado por quatro anos para se tornar um dos melhores policiais de rua da delegacia com Higgins o orientando e tutoreando. Agora Marcus quer uma insígnia de detetive e uma transferência a OCU (Organized Crime Unit), para isso, ele deve fazer um teste, e passa sem problemas.

Mas na cabeça de Higgins, Marcus ainda não está pronto. Por isso, o leva para as ruas para alguns princípios básicos e posteriormente para a prisão, para visitar o pai de Reed. A visita na prisão é cortada por uma chamada telefônica para Higgins - um contato de um caso que ele está trabalhando o chama para uma reunião em outra parte da cidade. Higgins, então, tem pressa para chegar ao local marcado. Ao chegar no local e antes de sair do carro, Higgins instrui Marcus a entrar armado se ele não sair em seis minutos. Conforme Higgins caminha para o edifício com uma maleta, Marcus se abaixa para pegar alguns dos cigarros de Higgins que tinham caído do porta-luvas, e, de repente, uma enorme explosão joga o carro pelos ares.

Ao voltar à delegacia, Marcus é informado de que Higgins foi morto na explosão. Marcus então tem seu lugar negado na OCU e é informado de que terá que voltar às ruas como policial, enquanto o departamento investiga a morte de Higgins. Marcus retoma as suas funções e é contatado por um agendte do FBI, Gabriel Whitting, que solicita um encontro em estacionamento no centro.

Whitting informa que um membro da OCU é um traidor e, provavelmente, organizou a morte de Higgins. Whitting não sabe quem é o traidor, mas ele sabe que o traidor estava trabalhando com quatro peixes-grandes do crime: Magdalena Cartel, Clube do Presidente, Palermo Mob e Shadow Tong. Whitting quer que Reed investigue sobre esses quatro grupos para rastrear o assassino. Depois de receber uma pasta com informações sobre o Cartel Magdalena, Reed inicia a sua missão de vingança.

A partir de agora, o jogador entra na parte final do jogo (depois de Marcus matar/prender todos os 4 chefes), podendo opinar entre dois finais: Good Cop Ending & Bad Cop Ending

Good Cop Ending (Final "Policial Bom"): Victor Navarro chega à Estação Grand Central para encontrar Marcus Reed e Gabriel Whitting espera em seu armário. Whitting diz para Navarro que ele tem um mandado e pede para que ele abra o seu armário. Navarro faz isso, revelando uma mala e algumas roupas de golfe. Navarro insulta Marcus, porém a bolsa cai, revelando milhões de dólares em dinheiro. Navarro é preso e Whitting diz para Marcus obter algum descanso. Descendo na estação de metrô, no entanto, Marcus é cumprimentado pela pessoa que ele menos espera: Higgins, vivo e bem. Marcus então percebe a verdade: Higgins era o traidor. Ele sabia que Whitting estava atrás dele, então forjou a sua morte e armou para que Navarro fosse culpado por seus crimes. Quando Marcus havia prendido os chefes do crime, ele tinha involuntariamente protegido Higgins da vingança que sofreria das gangues. Higgins tenta fazer com que Marcus junte-se a ele e gaste o dinheiro no México, mas Marcus está nervoso com Higgins.

Incomodado pela atitude de Marcus, Higgins mostra uma pasta cheia de imagens do tumulto que Marcus criou cinco anos atrás, ameaçando divulgar as imagens se Marcus revelar os crimes de Higgins. Marcus responde "eu vou fazer minha parte de pé, como meu pai" e ordena que Higgins se entregue. Higgins então entra em um vagão e Marcus o segue na perseguição. Higgins começa a desprender os vagões e tenta fugir. Irritado, Marcus atira descontroladamente no vagão de Higgins, acertando uma das rodas e fazendo o vagão virar. O restante do trem choca-se com o vagão, Marcus corre desesperadamente em direção à parte traseira do trem, fugindo da grande explosão. Mais tarde, Marcus conversa com Whitting e Dixon quando o cadáver de Higgins é empurrado por uma maca. Depois, Whitting promete dar ao pai de Marcus outra chance com a D.A..

O jogo acaba com o pai de Marcus narrando o fim da história, dizendo o quanto ele se orgulhava de ver como o filho permaneceu com sua honra intacta, apesar de ter dois maus exemplos na frente dele.

Bad Cop Ending (Final: "Policial Mal): Victor Navarro chega à Estação Grand Central para encontrar Marcus Reed e Gabriel Whitting espera em seu armário. Whitting diz para Navarro que ele tem um mandado e pede para que ele abra o seu armário. Navarro faz isso, revelando uma mala e algumas roupas de golfe. Navarro insulta Marcus, porém a bolsa cai, revelando milhões de dólares em dinheiro. Navarro é preso por Whitting no local. Conforme Navarro é levado, Marcus insulta Navarro, dizendo "Não deixe cair o sabonete". Furioso, Navarro agarra uma arma de um dos oficiais e atira em Whitting, matando-o. Marcus persegue Navarro dentro de um trem e após um breve tiroteio, Navarro e Marcus tem uma luta corporal. Marcus, ganha a luta ao jogar Navarro para fora do comboio. Enquanto o corpo de Navarro é carregado, Dixon comenta que ela nunca teria ligado Navarro a um policial corrupto. Ela aconselha Marcus a obter algum descanso.

Quando Marcus se senta no banco, Higgins aparece. Marcus revela que ele sabia que Higgins era o traidor desde que ele derrubou o último grande chefão do crime. Higgins pergunta por que Marcus matou Navarro, ao passo que Marcus diz que simplesmente odiava Navarro. Higgins cumprimenta Marcus, dizendo que eles são similares, e convida Marcus a ir ao México com ele. Marcus, porém, fica furioso por Higgins ter usado ele. Higgins entrega a Marcus um saco cheio de dinheiro, mas Marcus atira na cabeça de Higgins por sua traição e diz "Bastardos sem lealdade... não merecem viver".

Marcus começa a entrar no metrô com o dinheiro, mas para e se senta no banco, olhando para a sua insígnia com vergonha e aguardando a sua punição.

Créditos: Wikipédia