O uso de trapaças no jogo sempre foi amplamente criticado pelos jogadores. É recurso quase tão antigo quanto o próprio jogo, e é feito através de programas especiais ou através da console do jogo, que modificam configurações do motor gráfico utilizado, GoldSrc. Algumas trapaças comuns incluem visão através de paredes , aumento da velocidade do jogador e mira automática .

A visão através de parede e outros objetos permite que um jogador veja outro escondido ou em outro ambiente. Isto garante a ele vantagem ao saber a localização do inimigo, permitindo que mire antecipadamente. Isto é feito alterando o motor gráfico do jogo para que os objetos sólidos sejam mostrados de forma semi-transparente.

A mira automática permite que um jogador mire automaticamente no seu oponente quando presente, geralmente em sua cabeça, o que aumenta as chances de eliminá-lo. Os programas mais modernos para essa trapaça lêem dados temporários na RAM que armazenam informações sobre a posição dos jogadores. Se o programa identifica que o oponente está na tela do jogador em uma distância razoável, ele automaticamente altera a posição do jogador para mirar no local desejado. Algumas variações dessa trapaça também atiram automaticamente. Como o tempo de reação de um computador é muito menor que de um humano, o uso dessa trapaça torna o jogador quase invencível. Seu uso é facilmente reconhecível por outros jogadores já que o utilizador sempre irá acertar a cabeça dos oponentes, mesmo que não desejem. Outra variante dessa trapaça simplesmente atira automaticamente quando o inimigo está na mira do jogador.

As trapaças mais actuais contêm protecções de antikick, ou seja, impossibilita a desconexão do servidor do jogador através de votos dos jogadores da mesma equipe. Permitem também alteração dos céus dos mapas(cenários de jogo), extra-sangue (cada bala que se acerte no oponente, num ponto fraco, sai o dobro do sangue), enfim de certos gráficos do jogo.

Há também a implantação de novos radares com as trapaças, onde aparecem os elementos de todas as equipes, terrorista e contra-terrorista, distinguido através de cores (vermelho: Terrorista e Azul: Contra-Terrorista).

Outros tipos de trapaça incluem o famoso "telar" no qual o jogador olha outro computador ao lado do que ele está jogando, sabendo posição dos inimigos, bastante comum em lan houses.

Usos de programas VoIP para avisar algum companheiro vivo, ou até mesmo utilização do próprio sistema de friends que a steam proporciona. Alguns servidores utilizam a possibilidade do espectador poder ver todo o jogo depois de morto, o que possibilita esse tipo de trapaça. normalmente esse tipo de atitude pode ser confundida com visão através das paredes , alguns servidores punem esse tipo de atitude com ban permanente.

Para tornar o jogo mais justo, a Valve lançou o programa VAC (Valve Anti-Cheat),que desde sua segunda versão já está habilitado na maioria dos servidores. Quando os jogadores trapaceiam em servidores dotados de VAC 2 correm o risco de serem banidos permanentemente de todos os servidores que utilizam a tecnologia, seja no Counter-Strike ou não. A primeira versão do VAC bane o utilizador por um ano, sendo que até setembro de 2003 o tempo de banimento era de cinco anos. O atual sistema de detecção chamada-se VAC 2, e bane os infratores permanentemente.

Há um sistema paralelo ao VAC 2, o SteamBans,que já reúne algumas comunidades de Counter-Strike e servidores privados. Não tem a mesma quantidade de utilizadores que a da própria Valve, mas está a crescer a olhos vistos.

Este sistema consiste na exclusão pelo método da Steam_ID (identificação alfanumérica única em cada conta), ou seja, ao conectar a um servidor com este tipo de protecção, o jogador entra e a sua Steam_ID é automaticamente comparada com a base de dados de utilizadores banidos, e se houver um resultado positivo, decorre a desconexão do jogador do servidor protegido pelo sistema.