Na versão beta teria mais 15 missões, mais foram apagadas por motivos desconhecidos. Teria mais duas missões da Asuka, 3 missões do Donald Love, mais uma missão do Cisco, 2 do Miguel ,5 missões do Salvatore Leone e 3 do Joey Leone. Pode ser visto os arquivos das missões pelo Translhextion, o programa para traduzir ROMs de GBA.

Asuka Kasen (Stauton)

Zero Gravity
Você teria que levar Yuka para Liberty Campus enquanto três Yardies Lobo atacam seu Yakusa Stinger. Mais você deve fazer ao menos 5 saltos únicos em menos de 2 minutos.

Asuka Kasen (Shoreside)

Grand Theft Dodo
Você teria 5 minutos para pilotar ao menos 5 Dodos (que seria acessível) para a garagem de Import/Export em Portland Harbor (que foi removida da versão final). Depois, pegar um Cheetah (também removido) e levá-lo para Asuka em Newport.

Donald Love

Love's Work
Você teria que pegar um Cheetah, um Infernus e um Manana e levá-los para a Shoreside Left Bridge.

Yarkusa Lobinger
Você teria que levar um carro da Yakusa e um Yardie Lobo para a garagem ao lado do triturador. Lá, o amante de corridas iria mesclar os carros e você irá ganhar um Yarkusa. E depois levá-lo para Donald fugir para um prédio em Torrington, que seria a nova Love Media.

Luigi'as Pimp
Você teria que pegar Luigi em Fort Stauton e levá-lo para seu clube em Red Light. Depois levar a limousine que você iria usar para transportar Luigi, para o Pay'n'Spray, e depois levá-lo ao triturador.

Cisco (Stauton)

Getaway in other city
Você teria que pegar um Dodo que está dentro do Estádio e voar para Los Santos. Lá você chega em Ocean Docks, mate todos os russos marcados no radar. Depois pegue uma maleta em Fern Ridge e depois volte para as Docas. Ao sair do Dodo, ele irá ser explodido por um russo. Mate o outro russo, mas cuidado, pois ele está com dois guardas usando coquetéis e granadas e o russo usando uma Shotgun. Vá para o aeroporto e pegue um Dodo, e vocÊ teria que voltar para o Estádio de Stauton Island. E depois levar a pasta para Cisco.

Miguel (Upstate Liberty)

Headshot Fatal
Você iria ter uma M4 (removida) e você teria que matar ao menos quatro Diablos com Headshot (ataque removido).

Big Bang Vale
Sabe o túnel trancado no GTA III? Ele iria aparecer em GTA Advance e aberto! Você teria que pegar um Manana com três barris de óleo. Dirigir para o túnel e entrar até chegar em Stone West. Estacionar ele em uma casa vermelha com um carinha de blusa azul parado lá.
Voltar para Shoreside e acionar o detonador. A policia virá e trancar o túnel com barreiras e clones super sólidos!

Salvatore Leone

Truck-Track
Você iria ganhar um Belly e teria uma corrida com um Yankee e um Rumpo. Basta ser o primeiro a vencer.

Bait
Você teria que pegar um Diablo Stallion e chamar um membro do Diablo. Leve ele a garagem marcada no radar, a Bitch'n' Dog Food, espere ele entrar na garagem. Escute um som de carne sendo moida!

Leone Calls Marty
Pegue Marty Chonks e leve-o para a mansão do Salvatore. Depois espere ele sair e leve-o para a garagem.