Jason Brody está de férias com um grupo de amigos numa ilha tropical no Pacífico quando decidem fazer pára-quedismo. Mas, cada um deles aterriza em diferentes partes de uma ilha infestada de piratas, sendo feitos prisioneiros por um pirata chamado Vaas, a qual planeja pedir dinheiro do resgate aos pais deles, para, em seguida, vendê-los como escravos.

Jason consegue fugir do cativeiro, mas, o seu irmão é morto durante a fuga. Jason é salvo por um homem chamado Dennis, que faz parte dos Rakyat, nativos da ilha que sofrem sob a influência pirata. O líder dos Rakyat, uma sacerdotisa chamada Citra, inicia Jason na sua tribo e lhe é dado tatuagens guerreiras. Em seguida parte para uma série de missões a fim de resgatar os seus amigos cativos, um por um, ao mesmo tempo que ajuda os Rakyat a retomar a ilha, ajudado às vezes pelo Dr. Earnhardt, um especialista em fungos e vários remédios nativos e drogas. Ao longo da aventura, Jason amadurece para um guerreiro temível e é admirado pelos Rakyat, apesar dos seus velhos amigos ficarem perturbados com a sua transformação num assassino, especialmente quando ele pensa ficar na ilha para sempre.

Depois de matar Vaas, Jason segue para o sul da ilha, que é controlada por Hoyt Volker, um comerciante de escravos e empregador de Vaas, jurando a Citra que ele vai matar Hoyt pelo que ele fez, tanto aos habitantes da ilha, quanto ao seu irmão.
Depois de matar Hoyt, Jason resgata o seu último companheiro e, ao regressar à casa onde estavam os seus amigos, descobre que a casa foi queimada pelo fogo. Nos sobreviventes, encontra Dr. Earnhardt deitado num pátio mortalmente ferido. Ele diz a Jason, antes de morrer, que tentou salvar os seus amigos que foram levados por Citra e os seus guerreiros de volta para o templo. Ele regressa a Citra para descobrir que ela aprisionou os seus amigos. Citra ficou encantada com Jason, vendo-o como a reencarnação de um guerreiro mítico ancestral dos Rakyat.
O jogador deve então escolher se quer executar os seus amigos e permanecer com Citra ou salvá-los e deixar a ilha.

Se o jogador escolher salvar os amigos, Jason corta as cordas onde foram amarrados e os resgata, enquanto Citra tenta convencer Jason dizendo que os seus amigos vão seguir em frente e que ele deveria permanecer na selva para se tornar rei. Jason afirma que a violência acabou e que não haverá mais sangue.

Dennis, entretanto, chega afirmando que Citra lhe salvou, bem como os outros seguidores. Ele tenta matar Jason por ter traido Citra, mas, Citra se coloca na frente de Jason e é esfaqueada mortalmente. Citra diz a Jason que lhe ama e lhe implora para não largá-la antes de morrer, com Jason dizendo que está arrependido. Em seguida, Jason e os amigos deixam a ilha por meio de um barco. Jason narra que ele não vai fugir daquilo que fez, que acredita que é um monstro e sente a raiva dentro dele, embora também acredite que ainda existe algum lugar dentro dele que é melhor do que isso.

Caso o jogador escolhe se juntar a Citra, Jason mata os seus amigos e faz sexo com Citra. Logo depois, Citra o apunhala mortalmente, dizendo que o seu filho irá chefiar a tribo e que ele morre como um guerreiro em que se tornou.


Créditos: Wikipédia